DNA kesme ultrasonikatoru NGS'ye hazır parçaları dakikalar içinde nasıl teslim eder?

Güvenilir bir DNA Kesme Ultrasonikatoru, tutarlı yeni nesil dizileme (NGS) kütüphane hazırlığının temelini oluşturur; Parçalanma kalitesi doğrudan kapsama tekdüzeliğini, varyant çağrı doğruluğunu ve kütüphane karmaşıklığını belirler; böylece her sonraki analizi şekillendirir. Dizileme platformları geliştikçe ve örnek verimliliği arttıkça, laboratuvarların örneklemin bütünlüğünü koruyan ve tekrarlanabilir parça boyut dağılımları üreten cihazlara ihtiyacı vardır.

DNA Parçalanma Tekniklerinin Optimize Edilmesi

Tüm genom dizileme kullanarak klinik olarak ilgili genlerin kapsama düzenini maksimize edin

Odaklanmış Ultranonik aktüatörler (FUA) Longlight Technology'den BoFU-800 Odaklı Ultrasonikator laboratuvarların ihtiyaçlarını karşılamak için. İlk kez, laboratuvarlar dakikalar içinde NGS'ye hazır DNA parçalarına sahip olabiliyor.

NGS'nin Önemi ve Verimli DNA DNA Kesiminin Değeri

Yaygın inanışın aksine, DNA parçalanması bir işleme sürecinin ilk adımı değildir. Üretilen verilerin kalitesi, üretilen boyut parçalarının doğrudan bir sonucudur. Düşük frekanslı varyantların yeterli kapsamını sağlamak Poisson dağılımı civarında olmalıdır. DNA parçalanması daha yüksek yoğunluklu bir kütüphaneye katkıda bulunacak kadar sıkı olmalı ve Poisson dağıtılmış varyantları, düşük kapsama kırılma noktalarından kaynaklanan kopya sayısı varyasyonlarıyla karıştırılmamalıdır.

Enzim parçalanmasının başlangıç maliyeti önemli ölçüde daha düşük olsa da, dizi yanlılığı daha yaygındır. Bu önyargılar, toplanan verilerde daha fazla çeşitlilik yaratma eğilimindedir. Discovery Life Sciences tarafından yapılan ve tamamlanmış çok sayıda çalışma, düşük girdili FFPE örneklerinden DNA parçalanması için daha tutarlı bir boyut elde edildiğini göstermektedir. Çok düşük örnek hacmine sahip veya örnek koruma meselesi olan laboratuvar ortamlarındaki iş akışları için, mekanik parçalanmanın öngörülebilirliği belirgin bir avantajdır.

Odaklı DNA Kesme Ultrasonikatoru ile Geleneksel Sonikatörler arasında

Odaklı DNA Kesme Ultrasonikatoru, örnek üzerinde odaklı yüksek frekanslı ultrason kullanır. Buna karşılık, geleneksel prob tipi ve su banyosu sonikatörleri dağılmış enerji kullanır ve örneklerle doğrudan temas gerektirir.

Bu sisteme bir örneği şunları içerir: BoFU-800 ve konfokal ultrason teknolojisinin kullanımıyla aşağıdaki noktalara yol açmıştır.

1. Kontrollü, tekrarlanabilir parçalanma: tepe ve darbe genişliğinin insidansı, parçalanacak DNA'ya ayarlanabilir; örneğin Tam Genom Dizileme (WGS) için 300 ila 600 bp veya Whole Exome Sequencing (WES) için 250 ila 350 bp aralığında.

2. Temassız numune işleme: örnekler, numunenin veya değerli nükleer malzemenin bozulmamasını sağlamak için yüksek kaliteli, önceden mühürlenmiş tüplerden, bakımlı hermetik ve hermetik kapaklardan çıkarılmasına gerek yoktur.

3. Gerçek düşük sıcaklık operasyonu: yoğuşma sistemi yüksek derecede olup, endotermik reaksiyon zinciri veya yüksek sıcaklıktan dolayı ortaya çıkan açıklık olmadan yerinde izotermal dengeye yol açar; bu da son derece yüksek enerji patlamasına maruz kalan numuneye uygulanır.

Tepe geliş gücü uygun şekilde kalibre edildiğinde, 120-150 bp kadar küçük parça boyutları birden fazla örnek arasında tekrarlanabilir şekilde elde edilebilir. BoFU-800, bir tıkla teklilik için kuyu veya parti modunda bağımsız koşul ayarlarıyla aynı anda 1 ila 8 örneği işleyebilir ve laboratuvarlara tutarlılıktan ödün vermeden esneklik sağlar.

Örnekten Dizileme Dönemine-Dakikalar İçinde Hazır Kütüphane

Yoğun bir laboratuvar ortamında zaman verimliliği şarttır. Son teknoloji bir DNA Kesme Ultrasonicator, iş akışı verimliliğini büyük ölçüde artırabilir:

• Azaltılmış uygulamalı çalışma: BoFU-800, entegre bir işletim sistemiyle gelir, bu da harici bir bilgisayara gerek kalmadığı ve tezgah karmaşasının azaldığı anlamına gelir.

• Gerçek zamanlı işleme esnekliği: Serbest mod, her numunenin bireysel olarak işlenmesine olanak tanırken, toplu işlem modu zaman verimli işleme için tüm parti için aynı parametreleri uygular.

• Hızlı parça analizine hazırlık: Odaklanmış ultrasonikasyon ile üretilen dar ve tutarlı parça boyutları, zaman alıcı bir kütüphane hazırlama aşamasına olan ihtiyacı ortadan kaldırır.

Klinik örnek işleme ve teslim sürelerinin haftalar değil, günler cinsinden ölçüldüğü ortamlarda, yukarıdakilerin hepsi daha hızlı laboratuvar vakası sonuçları anlamına gelir. Cihaz, tek tıklamayla atık temizleme ile otomatik drenaj, erken uyarı sistemine sahip yerleşik su seviyesi sensörü ve zaman verimli çalışma döngüsü ile parti kesintisini azaltıyor ve sürekli çalışma süresini alt birim boyutlarına kadar artırıyor.

Zor ve Düşük ile Uyumluluk-Giriş Örnekleri

Gerçek bir DNA Kesme Ultrasonikatoru, örnek işleme zor olduğunda benzersiz örnek işleme özelliklerini kullanır. FFPE dokuları, sıvı biyopsiler ve bozuk klinik örnekler gibi örnekler, modern bir laboratuvar için mevcut olan en zor ve zorlu örnek işleme unsurlarını sunar. Geleneksel örnek çıkarma ve kesme yöntemleri, aşırı değişkenlik ve örnek işleme zorluklarına karşı mantıklı olarak taşınabilir ve benimsenemez; bu da kötü ve pratik olmayan parça boyutlarına veya tüm kütüphane hazırlığının başarısızlığına yol açar.

Odaklanmış ultrasonikasyon bu endişeleri hafifletmeye yardımcı olur. Ekstraksiyon protokolleriyle birleştirildiğinde, akustik ekstraksiyon, arşivlenmiş FFPE örneklerinden geleneksel kolon tabanlı yöntemlere kıyasla daha kaliteli metrikler elde eder. BoFU-800, işlevselliği kesme aşamasına da genişletir:

• Düşük giriş uyumluluğu: Sistem, küçük hacimli uygulamalar için DNA'yı etkili bir şekilde kırarak yüksek geri kazanabilirlik sağlar.

• FFPE doku deparafinizasyonu ve DNA çıkarımı: Aynı odaklı ultrason prensibi, tümör doku blokları ve sıvı biyopsi örneklerinden iş akışına yardımcı olur.

• ChIP-seq için kromatin kesme: DNA kesmeye ek olarak, cihaz kromatin immünopresipitasyonu için de kullanılabilir ve laboratuvarın epigenetik araştırmaları için işlevsellik sağlar.

• Sistemin dirençli hücre duvarlarını kesme ve aşağı akım analitlerini koruma yeteneği, Mikobakteriyel tanımlama için filamentli mantarlar veya MALDI-TOF MS kullanan araştırmacıların verimliliğini artırır.

Düşük kaliteli ve düşük girdi örnekleri için başarılı kütüphane hazırlığı nasıl sağlanır?

Tek zincirli kütüphane hazırlama teknolojisi başarı oranını önemli ölçüde artırır!

BoFU-800'ün toplu işleme ve tekrarlanabilir sonuç paketi, öngörülebilir uçtan uca dizilemenin temel bir bileşeni olarak otomatik kütüphane hazırlamaya esnek çözümler sunar.

Uzun okuma cihazları için 10 kbp veya daha büyük fragmanlar önyargısız gereklidir. Araştırmalar, tek molekül dizileme için 10-20 kbp kesme sağlamak için boncukların kullanımını araştırmıştır. BoFU-800, 150-600 bp aralığına kadar kesme için optimize edilmiştir, ancak odaklanmış akustik, mekanik kesme dizileriyle ölçeklenebilir bir potansiyeli de sunar.

Geniş kesme aralıklarını kapsayan bir DNA Kesme Ultrasonikatoru, laboratuvara çeşitlendiren uygulamalara hizmet verme esnekliği sağlar.

Tutarlı bir NGS İş Akışı Oluşturmak

Genomikte en iyi para birimi tekrarlanabilirliktir. Ne yazık ki, her kütüphane hazırlık yöntemi laboratuvarları belirli bir teknik değişkenliğe maruz bırakır. Her teknoloji şirketinin amacı, cihazlarını değişkenliği en aza indirecek şekilde mühendislik yapmaktır. Fabrika kalibrasyonlu DNA Kesme Ultrasonicator (doğru yapıyla) size şu amaçlarla fayda sağlar:

1. Güvenilir cihaz kullanımı: Hepsi numune kuyusu başına aynı miktarda enerji sağladığı için, tüm Ultrasonicator sigortaları tek tip fabrika kalibrasyonlarıdır.

2. Örnek işleme geçmişi: Ultrasonikator işlem parametrelerini ve koşullarını belgeler ve operatöre tam deneysel veri şeffaflığı ve denetim hazırlığına erişim sağlar.

3. Operatör değişkenliğinin en aza indirilmesi: Toplu işlem ve operatör değişkenliği riski ortadan kaldırılır.

Bu özellikler sadece kolaylık geliştirmeleri değildir; Keşif ölçeğindeki araştırmadan, partiler ve operatörler arasında tutarlılığın zorunlu olduğu düzenlenmiş tanı uygulamalarına geçiş için ön koşullardır.

Son

Modern genomik, daha yüksek verimlilik, daha düşük girdi ve daha sıkı kalite kontrolü gerektirir. BoFU-800 gibi bir DNA Kesme Ultrasonicator, odaklanmış akustik enerji, temassız işlem ve gerçek sıcaklık kontrolü ile kompakt, parti dostu bir tasarımda dakikalar içinde NGS'ye hazır parçalar sağlar. 1–8 örnek arasında tutarlı parçalanma mümkün kılarak ve FFPE çıkarımından kromatin kesmeye kadar uygulamaları destekleyerek BoFU-800, laboratuvarların güvenilir NGS sonuçlarının gerektirdiği tekrarlanabilirlik ve verimliliği elde etmesine yardımcı olur—daha az sorun giderme, daha fazla keşif.

BoFU-800 Odaklı Ultrasonicator'u keşfedin ve fiyat teklifi talep edin. www.longlight.com.

SSS

S: BoFU-800, NGS için DNA'yı hızlıca kesebilir mi?

C: Parçalanma hızı örnek olarak değişir. Çoğu numune sadece birkaç dakika içinde 150-600 bp arasındaki hedef aralığına parçalanır.

S: Odaklı ultrasonikasyon kullanılırken örnekler ısınma nedeniyle zarar görebilir mi?

C: BoFU-800, sıcaklığı izotermal olarak kontrol etmeye çalışıyor. Bu nedenle, örnekler ısınma nedeniyle zarar görmez.

S: Farklı koşullarda örnekleri tek bir denemede işleyebilir miyim?

C: Evet. Serbest mod, tüm 8 kuyu için parametreleri bağımsız olarak ayarlamanıza izin verirken, toplu mod tüm kuyular için aynı parametreleri ayarlıyor.

S: BoFU-800, düşük giriş örnekleri veya FFPE örnekleri ile kullanılabilir mi? C: Evet. Odaklanmış akustik, 1 ng DNA bile kullanabilir. Kapalı tüp kullanımı, FFPE çıkarılmış örneklerin korunması için de faydalıdır.

S: Cihazı çalıştırmak için kendi bilgisayarıma sahip olmam gerekiyor mu?

C: Hayır. BoFU-800'ün dahili bir işletim sistemi var, bu yüzden ekstra bilgisayara ihtiyacınız yok. Bu nedenle, kurulum için bankta daha az yer alıyor.