DNA Çıkarımı için Manyetik Boncuk Ayırıcı: Pratik Bir Seçim Rehberi

DNA çıkarımına odaklanmanın çoğu manyetik boncuk kimyasıdır. Ancak, tüpleri içeren ayırıcı, kurtarma, saflık ve operatör tutarlılığını da etkileyebilir.

Yakalama süresi ve yakalama bölgesi tutarlılığı, DNA'ya bağlı boncukları verimli bir şekilde immobilizasyon için önemli performans faktörleridir; bu nedenle, boncukların aspirasyon sırasında öngörülebilir immobilizasyon pozisyonunu bozmadan immobilizasyon sağlamak için gereklidir. Zayıf, düzensiz ve/veya kötü görünür bir yakalama bölgesinde, boncuklar süpernatantla birlikte kaybolabilir veya yıkama tamponunda askıya alınabilir.

Manyetik Boncuk DNA Çıkarımı nasıl çalışır?

Manyetik boncuk çıkarımı, yüzeyleri iyi tanımlanmış kimyasal koşullarda nükleik asitleri bağlayan paramanyetik parçacıkların kullanımını içerir. Lizis'ten sonra, uygun bağlanma koşulları, fonksiyonel manyetik boncuklara nükleik asitlerin adsorpsiyonunu teşvik eder.

Manyetik alan, boncuklara bir kuvvet uygular ve onları örnek kabının dibine veya duvarına doğru getirir. Üst yüzey daha sonra santrifüjlenmeden pipetle çıkarılabilir. DNA elusiyon tamponuna elüasyon yapılmadan önce, tuzlar, proteinler ve inhibitörler yıkama tamponları tarafından oradan yıkanır.

Separatör kimyasal bağlanmada rol almaz. Bunun amacı, ayrıştırma ve sıvı çıkarma aşamalarında boncukları güvenilir şekilde immobilize etmektir. T MSG Manyetik Raf Longlight'tan gelen bir kalıcı mıknatıs tabanlı tüp ayırma cihazıdır ve nükleik asitleri, proteinleri ve hücreleri ayırır.

Neden Magnetik-Saha Önemli bir tasarım?

Bir ayırıcının performansı yalnızca mıknatıs gücüne göre belirlenemez. Mıknatıs ile örnek arasındaki mesafe, manyetik alan gradyantı, tüp geometrisi ve boncuk özellikleri yakalama davranışını etkiler.

İyi bir alan, boncukları yoğunlaştırarak küçük, kolayca görülebilen bir alan oluşturur. Bu, pipet uçlarını yerleştirirken pelleti rahatsız etmeden üst yüzeyin çıkarılmasını kolaylaştırır.

Çok agresif veya düzensiz bir yakalama desen, yeniden asılması kolay olmayan kompakt boncuk kümelerine yol açabilir. Kötü bir kurulum, boncukların çok uzun süre asılı kalmasına yol açabilir. İdeal amaç, sonraki karıştırma sürecini karmaşıklaştırmadan hızlı, kapsamlı ve tekrarlanabilir şekilde ayırmaktır.

Neler Bazıları DNA'nın kaybolabileceği yerler?

Boncukların en sık kaybı, üst yüzey çıkarılıp yıkandığında olur. Eğer pelet görünmüyorsa, pipet ucu onu yerinden değiştirebilir ve/veya emebilir.

Kalan sıvı ile ilgili sorun farklıdır. Yıkama tamponunun tam olarak çıkarılmaması, etanol, tuz veya diğer bileşenlerin taşınmasına yol açabilir ve bu da PCR, ligasyon veya kütüphane hazırlama reaksiyonlarını etkileyebilir.

Ürünün aşırı kurutmaması da önemlidir. Son yıkamadan sonra boncukların aşırı kurutulması, onları tekrar asmayı zorlaştırabilir ve elülasyon verimliliğini düşürebilir. Temiz yakalama bölgesi, operatörü doğru çıkarma sürecine ve doğru zamanda bir sonraki adıma yönlendirir.

Nedir en iyisi Tube Format ve Volume için eşleşme mi?

Separatör protokolde kullanılan gerçek kapları içermelidir. Bunlar genellikle PCR tüpleri, 8 tüplü şeritler, 96 kuyu plakalar, 1.5 mL veya 2.0 mL mikrosantrifüj tüpleri ve daha büyük konik tüpler şeklindedir.

Bir raf içindeki tüpün konumu, başka bir format için mıknatıstan çok uzak olabilir. İyi hizalama önemlidir, çünkü tüp fiziksel olarak sığabiliyorsa bile kötü hizalama daha fazla ayrılma süresine veya peletlerin uygunsuz konumuna neden olabilir.

İş hacmi de önemlidir. Longlight'ın MSG serisi, mikrolitre örneklerden 2 mL'ye kadar çeşitli PCR kaplarında ve standart mikrosantrifüj tüplerinde çeşitli küçük hacimli formatlar içerir.

Nedir Sağ Sahip olmak gereken veri taşıma kapasitesi nedir?

Bir avuç örnekle çalışan bir araştırma laboratuvarı, oldukça görünür ve kolayca erişilebilen tüplere sahip küçük bir raf isteyebilir. Format, tanı veya dizileme laboratuvarına, partinin boyutuna ve çok kanallı pipetleme protokolüne uymalıdır.

Tüm pozisyonların kullanılmaması mutlaka bir sorun değildir, ancak sekiz tüplü bir protokol kullanıldığında, bireysel taşımaya uygulandığında örnekler arasında zamanlama farklılıkları oluşabilir. Tüm pozisyonlarda öngörülebilir boncuk yakalama, daha yüksek verimlilik için önemlidir; burada tutarlı tüp aralığı da önemlidir.

Longlight'ın NGS örnek hazırlama portföyü, manyetik ayrım, DNA niceltilmesi, DNA parçalanması ve elektroforezi kapsayarak örnek hazırlama için daha entegre bir iş akışı sağlar.

Yıkama – Nasıl Yapılacak mı?

Boncuklar bir araya geldikten sonra, pipet ucunu boncuktan diğer tarafa koyun. Sıvının yavaşça çıkarılmasına izin verin, böylece mıknatıstan boncuklar çekilmez.

Belirlenen yıkama tamponu standart protokole uygun olarak ekleyin. İş akışına bağlı olarak, yıkama boru rafta yapılabilir veya boncuklar yıkama adımları arasında tamamen yeniden askıya alınmalıdır.

Yöntem, her adımda boncukların tamamen dağılıp dağılmaması gerektiğini göstermelidir. Yeniden süspansiyon tamamlanmamışsa kirleticiler kümeler halinde hapsolabilir ve karıştırma aşırı agresif olursa numune işlemede daha fazla değişiklik yaratabilir.

DNA nasıl Elut Boncuklardan mı?

Son yıkama ve kurutma (kontrollü) tamamlandıktan sonra, kabı manyetik raftan çıkarın. Belirtilen elusiyon tamponu ekleyin ve boncukları iyice yeniden askıya alın.

DNA'nın geri kazanımı sıcaklık, eluasyon hacmi, karışma ve kuluçka süresi tarafından etkilenebilir. Elution tamamlandıktan sonra, tüpü manyetik rafa geri döndürün ve boncuklar tamamen yeniden yakalanana ve süpernatantın temiz hale gelmesine kadar bekleyin, sonra DNA içeren süpernatantı transfer edin.

Pelletin elyutisyon konumu, düşük hacimli elyutsiyon kullanıldığında özellikle önemlidir. Aspirasyon bölgesinden daha uzakta bulunan kompakt bir pelet, boncuk transferi olmadan daha fazla eluat geri kazanılmasına yol açar.

Nasıl olabilir Ayırıcı Performans ölçülecek mi?

Aynı örnekle tekrar çıkarma, boncuk kimyası ve çıkarma yapan kişi ile tekrarlanın. Ayırma süresi, pelletlerin görünürlüğü, süpernatantın kolayca çıkarılması ve boncukların yeniden süspansiyon kolaylığı için gereken süreyi not edin.

DNA'nın miktarını ve kalitesini kontrol edin ve DNA'yı kullanmayı planladığınız uygulamayı da test edin. Bir örnek kabul edilebilir soğurma oranlarına sahip olsa bile, numune PCR veya dizileme kütüphanesi hazırlığını etkileyecek kadar inhibitör içerebilir.

Çok tüplü ve plaka için, pozisyon arası tutarlılık önemlidir. Birden fazla test noktasını test edin – sonuçları merkeze yakın ve kenarlarda karşılaştırın.

Daha büyük bir biyomanyetik ayırıcıya ne zaman ihtiyaç vardır?

Tüp rafları günlük mikrolitre ile mililitre uygulamalarda kullanılabilir. Yüzlerce mililitre veya birkaç litre reaktifin ayrılması, biyoproses veya üretim gerekebilir.

Daha büyük bir mıknatıs bu ölçek mertebesinde fark yaratmaz. Kap çapı, karışma, boncuk seyahat mesafesi, alan uniformliği ve süreç izleme daha önemlidir.

Longlight's biyomanyetik ayırıcılar, model MSG-250/MSG-1000 nükleik asitlerin ayrılması, protein saflaştırması ve diğer parti süreçleri için ölçeklendirme için faydalıdır.

Alıcı Kontrol Listesi.

Aşağıdakileri doğrulayın: desteklenen tüp türleri, çalışma hacmi aralığı, kaç pozisyon ve tek kanallı veya çok kanallı pipetlerle uyumlu olup olmadığı. Boncukların konumuna ve peletin operatörün normal çalışma açısından hâlâ görünür olup olmadığına bakın.

Protokolünüze benzer bir boncuk ve kap formatında "ayırma verisi" talep edin. Ayrıca, temizlik ihtiyaçlarını, kimyasal direnci, raf stabilitesini ve ani hareketler olmadan tüp yerleştirip çıkarmanın kolaylığını göz önünde bulundurun.

Birden fazla cilt içeren bir ürün ailesi, birden fazla ekstraksiyon formatı kullanan laboratuvarlar için laboratuvar personelinin eğitimini ve yöntem transferini kolaylaştırabilir. Manyetik ayrım ve diğerleri Longlight'a aittir Genel laboratuvar iş akışı çözümleri.

Son

Yıkama sıvısının çıkarılmasının doğruluğu ve tüpte kalan DNA bağlayıcı malzeme miktarı, DNA çıkarımı için manyetik boncuk ayırıcıdan doğrudan etkilenir. Görünür bir pelet ve doğru tüp konumlandırması, Uniform boncuk yakalama ile daha yüksek bir geri kazanım ve daha iyi tekrarlanabilirlik elde etmeye yardımcı olur.

Separatör boncuk kimyası, örnek hacmi ve sıvı işleme tekniğiyle birlikte değerlendirilmelidir. Laboratuvar kullanıcıları, tüp formatını, parti büyüklüğü ve/veya çalışma hacmi gereksinimlerini Longlight'a e-posta ile gönderebilirler İletişim sayfası ürün eşleştirme için.

SSS

Q1. Manyetik ayırıcı, DNA'yı doğrudan mı bağlar yoksa DNA'ya bağlanacak başka bir moleküle mi bağlanır?

Hayır. Boncuklar, DNA ile bağlanan yüzey kimyasıyla kaplıdır. Separatör bu boncukları tutabilir ve çevrelerindeki sıvıyı çekebilir.

Q2. Her tüp türü için bir manyetik raf var mı?

Genellikle hayır. Çalışma hacmi ve tüp geometrisi kontrol edilmelidir çünkü fiziksel uyum, mıknatıstan doğru mesafenin korunduğu anlamına gelmez.

Q3. Manyetik ayrım için ne zaman ayrılmalı?

Bu, boncukların özelliklerine, örnek hacmine, viskoziteye, tüp şekline ve mıknatıs tasarımına bağlıdır. Doğrulanmış protokolü uygulayın ve üst yüzeyin temizlenmesini bekleyin.

S4. Manyetik boncuklar neden son eluatta mevcut?

Aspirasyon sırasında peleti rahatsız etmiş olabilir veya temizleme süresi çok kısa olabilir. Tüpü dikkatlice mıknatısa geri koyup süpernatantı tekrar aktarın.

Q5. Manyetik ayırıcılar kullanarak RNA çıkarmak mümkün mü?

Evet, uygun bir RNA bağlama boncuk kimyasi ve ekstraksiyon prosedürü ile. Yine de, RNase kontrolü yapılmalıdır.