Ultra Hızlı Elektroforez Tamponu : Berraklığı Kaybetmeden Daha Hızlı DNA Jelleri

Agararoz jel elektroforezi basit ve güvenilir olsa da, yoğun bir moleküler biyoloji laboratuvarında geleneksel elektroforez süresi bazen sınırlayıcı bir faktör olabilir. Bir laboratuvar günde birden fazla PCR reaksiyonu, krestriksiyon sindirimi veya klonlama örneği çalıştırırsa, 30 dakikalık bir çalışma her gün birden fazla jel işlendiğinde önemli bir darboğaz haline gelebilir.

Ultra hızlı bir elektroforez tamponu daha düşük iyon gücüne sahip olarak formüle edilir; bu da verilen elektrik alan gücünde iletkenliği ve akımı azaltır ve böylece Joule ısınmasını sınırlar. Bu, daha yüksek alan güçlerinin doğrulanmış koşullarda kullanılmasına olanak tanır; ayrışma süresini kısaltırken faydalı bant çözünürlüğünü korur.

Ultra Hızlı Elektroforez Buffer—Nedir o?

Ultra hızlı elektroforez tamponu, agaroz jellerinde DNA parçalarının hızlı ayrılması için optimize edilmiş düşük iyonik güçlü bir elektroforez tamponudur. Elektrik iletkenliği ve göç sırasında kimyasal koşullar için gerekli iyonları sağlar.

Bu tamponun iyon dayanıklılığı çoğu geleneksel tampona göre daha düşüktür, bu nedenle akım nedeniyle belirli bir çalışma koşullarında daha az ısı oluşur. Bu, laboratuvarda daha yüksek voltaj gradyanının kullanılmasına olanak tanır ve çalışma süresini kısaltabilir.

Longlight's 50X Süper Hızlı Çalışan Arabellek konsantre bir çözelti olarak sağlanır ve önerilen koşullara göre ayırma süresini tipik 30 dakikadan yaklaşık 5-10 dakikaya kısaltır.

Nedeni alt İyonik güç koşu hızını artırabilir mi?

DNA'nın negatif yükü vardır ve elektrik alanında pozitif elektrota doğru hareket eder. Elektrik alanı ne kadar yüksekse, DNA o kadar hızlı hareket eder, ancak geleneksel tamponlar yüksek elektrik alanında önemli ısı üretebilir.

Aşırı ısınma agarozun erimesine neden olabilir, bu da bükülme şeritlerine, kavisli bantlara veya elektroforez ekipmanına zarar verebilir. Düşük iyon şiddetli tampon daha az akım sağlar; daha az ısı üretilir ve bu da daha yüksek voltajda çalışmayı daha mümkün kılar.

Bu, voltajın sonsuza kadar yükseltilebileceği anlamına gelmez. Jelin boyutları, tampon derinliği, odanın tasarımı ve ortam sıcaklığı ile güç kaynağı kapasitesi çalışmayı etkilemeye devam eder.

Daha Hızlı Olacaklar Elektroforez Daha az çözünürlükle mi sonuçlanıyor?

Tampon, agaroz konsantrasyonu, voltaj ve çalışma mesafesi numuneye uygun olduğunda, hızlı bir koşu ile iyi bir ayrım sağlanabilir. Bir yöntem aktarıldığında koşullar genellikle kontrol edilmez ve bu da düşük çözünürlükle sonuçlanır.

Parçaların ayrılması için, eğer yakınlarsa yeterli göç mesafesine sahip olmalıdırlar. Eğer parça çok erken durdurulursa, takip boyasının hareket ettiği görülse bile kuyuların yakınında sıkışabilirler.

Laboratuvarların varlığını veya yokluğunu belirlemek için yapılan analiz ile yüksek çözünürlüklü analitik jel arasındaki farkı fark etmesi önemlidir. İlkinin daha kısa jel süresi olmalı, ikincisinin ise daha uzun jel süresi veya biraz daha düşük voltaj gerektirmesi gerekebilir.

50X Konsantre Bir Parçadan 1X Çalışma Tamponu Nasıl Hazırlanır?

50 X konsantre 1 X çalışma çözeltisi olarak seyreltilmelidir. Örneğin, 1 L 1X çalışma tamponu yapmak için, 20 mL 50X konsantre ile 980ml damıtılmış veya demineralize su karıştırın.

Dökme veya odayı doldurmadan önce iyice çalkalayın. Hem agaroz jeli hazırlama hem de akan tank için, sistemin iletkenliğini tutarlı korumak için aynı 1X hazırlık kullanın.

Akımı daha da azaltmak amacıyla tamponu önerilen çalışma konsantrasyonunun altına salıntmayın. Yanlış konsantrasyondan kaynaklanan zayıf tamponlama ve/veya tutarsız bant desenleri anormal göçe yol açabilir.

Nedir Doğru Ayarlanacak voltaj?

Voltaj, sadece güç kaynağındaki tanıdık bir kurulumdan seçilmemek üzere etkili jel uzunluğuna göre belirlenmelidir. Longlight, hızlı akan tamponu ile yaklaşık 25–30 V/cm jel uzunluğu kullanılmasını önerir.

Ancak nihai ayarda elektroforez odası ile jel tipi ve tampon sıcaklığı da göz önünde bulundurulmalıdır. Son voltaj ayrıca jel uzunluğunu, örnek yükü, oda tasarımı ve tampon sıcaklığını da hesaba katmalıdır.

Güç kaynağı istenen ayarda çıkışta sabit olmalıdır. Güç kaynağı EP-600 elektroforez güç kaynağı Longlight tarafından üretilen bu cihaz, laboratuvar için stabil elektroforez güç kaynağı sağlamak üzere tasarlanmıştır.

Hangi Gel Koşullar Değişmedi mi?

Buffer, uygun olmayan bir agaroz konsantrasyonunun kullanımını aşamaz. Agarozun daha düşük konsantrasyonu, daha yüksek moleküler ağırlıklı parçaları destekleme eğilimindedir ve agaroz konsantrasyonu ne kadar yüksekse, DNA'nın daha küçük parçalarının ayrılması o kadar iyi olur.

Jelin kalınlığı da önemlidir. Kalın jellerin boyalanması daha uzun sürebilir ve daha fazla ısı olabilir. Kuyular oluşumunu temizle ve numuneleri yüklemeyi kenarlara zarar vermeden temizleyin.

Uyumlu yatay bir oda, elektrik koşullarının eşitlenmesini sağlar. Ve HE-50 Yatay Jel Sistemi birden fazla jel sistemiyle uyumludur ve düşük tampon tüketimli bir odaya sahiptir.

DNA için hangi boyama ve görselleştirme yöntemleri kullanılmalı?

Ürün ve protokole bağlı olarak, jelin hazırlanması sırasında veya elektroforezden sonra uygulanan nükleik asit boyama uygulanabilir. Hızlı bir tampon ile mevcut boyama yöntemi karşılaştırıldığında, boyama yöntemi aynı olmalıdır.

Çok kısa koşular, özellikle bantlar kısa mesafe koşarsa boyama yoğunluğu algısını etkileyebilir. Yukarıda belirtilenler nedeniyle pozlama ayarlanması önemlidir; böylece geleneksel bir koşudan otomatik pozlama kopyalanmamak gerekir.

LongLight's RedView Nükleik Asit Boyası agaroz ve poliakrilamid jellerinde DNA ve RNA görselleştirmek için kullanılabilir ve yaygın görüntüleme ekipmanlarıyla çalışır.

Öyle mi Mümkün Hızlı bir testten sonra DNA almak mı?

Evet, tampon ve boyama jel ekstraksiyonu ve sonraki reaksiyonlar üzerinde hiçbir etkisi olmadığı sürece. Longlight'a göre, 50X Süper Hızlı Çalan Tampon, DNA jel ekstraksiyonunu veya ligasyonunu etkilemez.

UV ışığına gereksiz maruziyeti en aza indirin ve en iyi iyileşme için mümkün olduğunca küçük bir jel dilimi çıkarın. Bant, komşu ürün dahil edilmeyecek kadar belirgin olacak şekilde ayrı tutulmalıdır.

Bir yöntemin doğrulanması klonlama, dizileme veya diğer hassas sonraki süreç için olduğunda, elde edilen DNA'nın verimini, saflığını ve performansını değerlendirin.

Çalışma tamponu ne zaman değiştirilmeli?

Bazı tamponlar yeniden kullanılabilir ancak yeniden kullanım kontrol edilmeli ve sadece görünüme göre değil. Tekrar yapılan çalışmalarda sıcaklık, iyon dağılımı ve tampon performansı değişebilir.

Eğer göç yavaşlarsa, bantlar beklenen şekle ulaşmazsa veya çözelti kontamine olursa, tamponu değiştirin. Buffer'ı kontrol etmek için iyi bir zaman olmasının bir diğer nedeni ise oda sıcaklığının yüksek olmasıdır ve arka arkaya daha hızlı çalışmalar yapılır.

Örnek önemliyse veya düşük girdiye sahipse, gereksiz varyasyonları önlemek için taze çalışma tamponu kullanılması önerilir.

Laboratuvarın Switch'i doğrulaması için doğru adımlar nelerdir?

Bilinen bir DNA merdiveni ve örnekler kullanın. Mevcut tampon ve ultra-hızlı tamponda aynı jel konsantrasyonu, örnek hacmi ve boyama yöntemini kullanın ve bunları paralel çalıştırın.

Çalışma süresi, bant şekli, yakın parçaların ayrımı ve göç tutarlılığı ile görüntü kalitesini eşleştirin. Jel ekstraksiyonu iş akışında yer aldığında, jel ekstraksiyonunun verimini ve bir sonraki reaksiyonu da değerlendirin.

Kabul edildikten sonra seyreltme, voltaj gradyantı, jelin boyutu, çalışma süresi, jelin nasıl boyandığı ve tamponun kaç kez kullanıldığı belgeleniyor. Longlight's Genel reaktifler ve tüketilebilirler düzenli genomik ve moleküler biyoloji uygulamalarını kolaylaştırmak için tasarlanmıştır.

Son

Ultra hızlı elektroforez tamponu, agaroz jel analizini hızlı bir kalite kontrolüne dönüştürebilir. Avantajı, daha düşük iyon gücüne ve daha yüksek kullanılabilir elektrik alan gücüne olanak sağlamasıdır.

Ancak, 1X hazırlığı, jel ve koşma tampon eşleştirmesi, agaroz konsantrasyonu ve sıcaklık kontrolü gibi tüm yönler güvenilir sonuçlar için kritik öneme sahiptir. Kısa yan yana doğrulama, laboratuvarların yorumlanabilir bant ayrımından ödün vermeden çalışma süresini kısaltmasına olanak tanır.

SSS

Q1. Ultra hızlı elektroforez tamponu DNA jeliyle birlikte kullanılabilir mi?

Evet. Agaroz jelinde DNA'nın hızlı ayrılması için tasarlanmıştır. Kullanıcılara, jel odası, boyama ve sonraki akış akışının uyumluluğunu doğrulamaları tavsiye edilir.

Q2. 50X buffer kullanıma hazır mı?

Hayır. 50X konsantre bir konsantre jel hazırlamadan veya elektroforezden önce 1X'e seyreltilmelidir. Konsantreyi doğrudan kullanmak, elektroforez sırasında aşırı akım ve ısı oluşumuna yol açar ve aşırı iyon gücü ile sonuçlanır.

Q3. Döküm ve jel çalıştırmak için aynı tampon kullanılıyor mu?

Evet, her ikisi için de aynı parti 1X çalışan tampon önerilir. Bu, jel sisteminde tampon gücünü korumaya yardımcı olur.

Q4. Voltaj artırıldığında jel ısınıyor mu?

Eğer yeterince tamponlanmazsa, voltaj veya odalama koşulları uygun değildir. Birden fazla çalışma ve/veya sıcak laboratuvarlar için tampon sıcaklığını izleyin.

Q5. Hızlı elektroforetik ayrışmadan ligasyon için DNA geri kazanmak mümkün mü?

Evet, uygun bir leke ve tampon kullanılırsa. Laboratuvarın ilk doğrulaması iyileşme ve ligasyon performansını da kapsamalıdır.